採集に用いる道具は，一般的な魚捕り用のたも網でよい。もちろん，ヨシノボリ類は水底に吸い付いているので，なるべく下側が平たくなっているたも網を使用する。石が多いところに多くいるので，足を傷つけないように長靴かアユ釣り用またはダイビング用の靴をはく必要がある。網を狙った場所の下流側に入れ（うまく石の隙間に入るように入れるとよい），少し離れたところからそこに向かって足で振動を与えてヨシノボリを追い込むようにする。足そのもので追い込むというよりはむしろ，足で底を石ごと軽く撹拌してそのショックで網の方向に飛び出させるというイメージでするのがこつ。あまり激しく水底をかきまわすようなことは，他の魚など悪影響を及ぼすのでしないこと。追い込んだらすぐに網を水面に上げてみる。
大きめの個体は，水の流れが速い所にいる傾向がある。水の流れが速すぎる所ではたも網による採集がしにくいが，その直下の流速が遅くなった場所では比較的に採集しやすい。特にこぶし大の石が多く転がっているような場所を選ぶとよい。小さめの個体は岸近くの浅く流れがあまりないところで採集できる。また，小型の堰（せき）の下にある落ち込みなどには多くの個体が溜まっているので，大小個体ともに採集しやすい。
たも網で採集しにくい場所で採集したり，個体を選んで捕りたい場合には，小型のたも網（高知県などでは「えびたも」という便利な網も売られている）を使って潜って採集する。もちろんこの場合は，水がきれいな場所・条件を選ぶ。水中眼鏡を着用し，一尾一尾を選んで網を上からかぶせるようにする。水中で一緒に「はいまわる」と意外と逃げないが，驚かせないようにゆっくり動くこと。川の中は危険が多いので，よく注意をすること。岩場などのケガをしやすい場所では，ウエットスーツ等の着用が望ましい。ヨシノボリ等のハゼ類は一般によくけんかをするため，多くの個体をいっしょに飼うことはできない。不必要な個体を採りすぎないように気をつけよう。
普通の金魚や熱帯魚と同じ道具・方法で飼育できる。ただし，川から採集してきた直後は病気などになりやすいので注意すること。まず，採集した魚を運ぶ時は傷のない元気な魚を選び，容器には水を浅めに入れる。深くすると逆に酸素が不足しやすい（魚が多いときは，エアポンプで空気を与える）。あまり水温が上がりすぎないようにして運ぶ。採集してきた個体は，一晩ほど塩水につけて消毒しておくと発病しにくい。飼育に用いる砂利や器具などは半日ほど日光に当てて殺菌しておくこと。
飼育密度は個体の大きさにもよるが，45cm水槽に全長6cmほどの個体を3〜6尾程度が適当な飼育密度だと思う。ろ過は上部式のフィルターなど流れができるものを使用するとよいのでは。ヨシノボリ類はどの種もよく「けんか」をするため，隠れ場所になるような石を多く入れておく。底面の1/3〜1/2が，こぶし大の石でうまっているような状態が好ましい。「けんか」によるケガが原因で病気になることも多いので注意する。餌は冷凍アカムシやイトミミズなどを与える。食べ残しがないように適量を1日2回ほど与える。2cm四方の冷凍アカムシで換算すると，1尾あたりに1/4程度の量でちょうどよい。浮遊性の金魚の餌などは餌として適していない。川から採集してきた水生昆虫などをあたえるのもいいが，雑菌も一緒に入るので注意が必要。
ヨシノボリ類は口が大きく，少し小さい魚などは食べてしまう。同種他種に関係なくすぐに「けんか」をするので，他魚種との混泳飼育にはあまり適さない。また，遊泳力が強い他の魚種と一緒に飼育すると，餌をそれらの魚に独占されてしまうこともある。
ヨシノボリ類は，水槽内でもいろいろな行動・生態を示すので，飼育しているだけでもそれなりに面白い。だがやはり，彼らの本当の生活を知るためには，自然環境下で観察することをお勧めする。水中眼鏡・シュノーケル等があれば，簡単に観察ができる。水温が低い場合はウエットスーツ等が必要だが，夏ならば特になくてもよい。ヨシノボリ類はあまりあちらこちらに泳ぎ回る魚ではなく，またこちらがじっとしていれば逃げたりしないので，ゆっくり観察してみよう。摂餌行動や「なわばり？争い」などのほかに，うまくいけば雄雌間の求愛行動なども観察することができる。
